Agencja istnieje od 2005 roku, zajmuje się oceną i wyceną świadczeń zdrowotnych.
Na mocy ustawy z dnia 25 czerwca 2009 roku o zmianie ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych oraz ustawy o cenach agencja uzyskała status państwowej jednostki organizacyjnej posiadającej osobowość prawną.