Prewencja zakażeń wewnątrzszpitalnych lepsza niż kiedykolwiek wcześniej. Nowa technika genomiczna

Grupa badaczy opracowała metodę genomiczną, która pozwala śledzić rozprzestrzenianie się wielu powszechnych bakterii opornych na antybiotyki w szpitalu w tym samym czasie.

Nowa technika sekwencjonowania, która została przybliżona w publikacji na łamach czasopisma Lancet Microbe, może pomóc w szybszym i skuteczniejszym zapobieganiu zakażeniom szpitalnym i leczeniu tych zakażeń niż obecnie stosowane metody, które polegają na oddzielnej hodowli i sekwencjonowaniu wszystkich patogenów.

Badanie koncepcyjne zostało przeprowadzone przez naukowców Instytut Wellcome Sanger, Uniwersytet w Oslo oraz Fundację IRCCS Policlinico San Matteo we Włoszech objęło całą populację bakterii chorobotwórczych znalezionych w jelitach, górnych drogach oddechowych i płucach pacjentów na oddziałach intensywnej terapii i zwykłych oddziałach szpitalnych podczas pierwszej fali pandemii COVID-19 w 2020 r.

Badacze byli w stanie zaobserwować, jaki rodzaj bakterii mieli pacjenci, i odkryli, że u każdego pacjenta na OIOM-ie występowała co najmniej jedna bakteria oporna na leczenie, a u większości pacjentów występowało kilka z nich jednocześnie.

Autorzy publikacji liczą, że ​​nowe podejście będzie można stosować wraz z istniejącymi systemami nadzoru klinicznego w szpitalach w celu identyfikowania, śledzenia i ograniczania rozprzestrzeniania się powszechnych bakterii opornych na leki.

Nowa metoda kontroli nad zakażeniami wewnątrzszpitalnymi

Obecne metody kontroli wirusowej obejmują hodowlę pojedynczego szczepu bakterii w próbce na raz, a następnie przeprowadzanie sekwencjonowania całego genomu dla wszystkich z nich oddzielnie. Jest to pracochłonny proces, który może łatwo zająć kilka dni i zapewnia jedynie częściowy obraz wszystkich klinicznie istotnych bakterii znalezionych w próbce.

W opublikowanym w ubiegłym tygodniu badaniu zespół opracował nowe podejście, które przechwyciło dane sekwencjonowania całego genomu dla wielu patogenów jednocześnie. Jest to znane jako podejście do głębokiego sekwencjonowania „pan-patogenów” i może dostarczyć danych genomicznych tak szybko, jak szpitale mogą przetwarzać próbki.

Zespół pobrał próbki od 256 pacjentów we włoskim szpitalu, wychwytując bakterie znajdujące się w jelitach, górnych drogach oddechowych i płucach. 2418 próbek DNA można było powiązać z 52 gatunkami bakterii. 66 procent (2148) z nich składało się z różnych szczepów siedmiu najczęstszych infekcji bakteryjnych występujących w szpitalach.

Naukowcy odkryli, że u pacjentów oddziałów intensywnej terapii stwierdzono obecność co najmniej jednej bakterii mogącej w każdej chwili wywołać ciężką chorobę, a u co najmniej 40 proc. z nich obecne były klinicznie ważne geny AMR.

Zespół skutecznie zmapował rozprzestrzenianie się bakterii szpitalnych na przestrzeni 5 tygodni, co pozwoliło mu także przewidzieć, które bakterie najczęściej pojawiają się w zakażeniach nabytych w szpitalu.

Oporność bakterii na antybiotyki realnym wyzwaniem ochrony zdrowia

Według WHO problem antybiotykooporności stanowi realne zagrożenie dla ludzkości, a pandemia COVID-19 jeszcze bardziej spotęgowała to zjawisko. Jak wynika z danych opublikowanych w czasopiśmie „Lancet” w 2019 r. na świecie zmarło 4,95 mln pacjentów z powodu zakażeń wywołanych przez bakterie oporne na antybiotyki, z tego 1,27 mln przez bakterie oporne na wszystkie dostępne antybiotyki.

Światowa Organizacja Zdrowia szacuje, że jeśli nie zostaną podjęte konkretne działania, do 2050 roku na całym świecie roczna liczba zgonów wywołanych antybiotykoopornością może wynieść nawet 10 milionów.